Y acá escribo mi respuesta a esta pregunta.

GNU/Linux cuenta con un rango amplio de lenguajes de programación; los cuales nos permiten crear nuestros propios programas o modificar alguno existente, según nuestras necesidades, gustos o preferencias. También se cuenta con bibliotecas que apoyan el desarrollo GUI, tal es el caso de  GTK+, QT,  entre otros.

Algunos de los lenguajes de programación con los que se cuentan son:

• Programación Bash
• Perl
• AWK
• Python
• Lenguaje C/C++
• C# (por medio de Mono)
• Java
• PHP

Tambien se cuenta con entornos integrados de desarrollo (IDE), tales como Eclispse, Netbeans, Anjuta, Glade, QtDesigner, Quanta Plus,BlueFish, MonoDevelop, entre otros.

Netbeans
MonoDevelop

Entonces, para comenzar a programar en GNU/Linux solo necesitas:

Responder las siguientes preguntas: Cual es la necesidad que tienes de programar? (sera que es una aplicación solicitada por un cliente, necesito adaptar alguna aplicación ya hecha, curiosidad), Cual es el nivel de conocimiento que poseo del lenguaje de programación ?, Realmente quiero aprender a programar en GNU/Linux?

Elije el lenguaje de programacion con el cual quieras trabajar (yo te recomiendo iniciar con un lenguaje de programacion con el cual ya estes familiarizado).

Investiga, y documentate, de como se compilia en GNU/Linux, como se ejecutan las aplicaciones creadas, etc.

Selecciona tu IDE, si asi lo requieres.

Suscribete a foros, listas de correo, unete a la comunidad GNU/Linux mas sercana, ya que de esta manera tendras soporte y apoyo para los inprevistos o dudas que surgan.

Programa

Persevera (ya que como todo en la vida, requiere de perseverancia y de tiempo para alcanzar nuestros objetivos)

Investiga, pregunta, para aclarar dudas que surgan, ten encuenta los tips que te den las personas mas experimentadas que tu.

Programa y Programa ya que no hay otra manera de aprender a programar que programando.